“国家大计，莫过于漕”，漕运承担着向京师转运粮食和财赋的重要职能。明清两朝非常重视漕运的制度建设，最重要的表现是设立了管理漕运事务的最高长官——漕运总督（简称“漕督”）。该职始设于明景泰二年（1451）。清朝肇建后，顺治二年（1645）继续设立该职，并成为清代督抚制度的重要组成部分。

　　漕督具有漕政和军事职能

　　督抚制度肇创于明代，当时具有临时差遣性质，“命京官巡抚地方，有军事则命总督军务，因事而设，事已旋罢”。清代，督抚逐渐被纳入正式地方区划，成为封疆大吏，掌握地方最高军事和民政大权。明代，漕运总督全称“总督漕运兼巡抚淮、扬、庐、凤四府（淮安府、扬州府、庐州府、凤阳府）并徐、和、滁三州”（徐州、和州、滁州），驻淮安府，不仅总理漕运，而且掌管辖地民政、财政、军事等事务，与其他督抚的权责类似。清代，漕运总督仍驻淮安府，但其职责与明代有所不同，逐渐由综合性的官员向专业性的官员转变，保留下来的功能主要是漕政和军事。虽然清代漕运总督具有一些民政权，但主要是依靠其官职和权势向地方官员施加影响。

　　漕政是漕运总督的主要职责，漕督“掌佥选运弁、修造漕船、派拨全单、兑运开帮、过淮盘制、催趱重运、查验回空、核勘漂流、督催漕欠诸务”。从漕粮的收缴、起运，到漕船北上抵达通州，漕督均要亲力亲为，稽查核实，并随时向皇帝奏报运输过程中遇到的重大事项。康熙尤为重视漕政，视之为“三大政”（漕政、盐政、河政）之一。康熙二十一年（1682），规定漕督须亲自护送漕粮，完成漕粮运输后，进京觐见述职。此后，这一规定成为惯例。除护送漕粮这一首要任务外，漕督还有改革漕运之法、整顿漕弊、管理漕员等责任。例如，顺治朝漕督蔡士英“两任督漕，多所振刷，厘革挽输，天庚迄无亏额”；乾隆朝漕督杨锡绂总结督漕经验，编成《漕运则例纂》等。

　　军事职能是漕运总督的另一职责。与其他督抚一样，清代漕督具有总督军务的职能，“漕运总督统辖各卫所外，复统辖旗、绿、漕标三营，兼辖淮安城守等营”，故又称“漕帅”。承平时，漕督统领的军事力量负责护送漕粮、镇守地方；战乱时，则是维护清朝统治的重要力量。