在《行政诉讼法》未出台之前，1982年《民事诉讼法（试行）》规定了人民法院适用民事诉讼法审理行政案件，为行政诉讼管辖注入了民事诉讼的“基因”。《行政诉讼法》于1989年正式出台，基本沿袭了民事诉讼“原告就被告”和“两便原则”的管辖制度，一审案件主要由基层人民法院审理。但是，行政诉讼实践中地方干扰和行政干扰现象此起彼伏，立案难、审理难和执行难几乎成了行政诉讼的标签。为摆脱行政诉讼的困境，人民法院针对行政诉讼管辖制度开始了为期十数年的渐进式改革。

　　提级管辖

　　改革首先聚焦于提高行政诉讼的管辖级别，将部分基层人民法院“审不动”的一审案件交由中级人民法院审理。2000年3月8日，最高人民法院发布《最高人民法院关于执行〈中华人民共和国行政诉讼法〉若干问题的解释》，通过解释中级人民法院管辖的“本辖区内重大、复杂的案件”（1989年《行政诉讼法》第14条第3款），将“被告为县级以上人民政府，且基层人民法院不适宜审理的案件”“社会影响重大的共同诉讼、集体诉讼案件”“重大涉外或者涉及香港特别行政区、澳门特别行政区、台湾地区的案件”的一审审级提高。在此基础上，2008年1月14日，最高人民法院发布《关于行政案件管辖若干问题的规定》，将“被告为县级以上人民政府，且基层人民法院不适宜审理的案件”变更为“被告为县级以上人民政府的案件，但以县级人民政府名义办理不动产物权登记的案件可以除外”。其中，“除外”的规定减少了提级管辖的类别，但删去“且基层人民法院不适宜审理的案件”意味着提级管辖案件范围的扩大。除此之外，广东省和浙江省也在省内法院系统开展了相应的提级管辖改革。提级管辖致力于改善行政诉讼的外部环境，促进行政审判的独立性和专业性。但是，根据统计报告显示，一些属于中级人民法院“本辖区内重大、复杂的案件”并未实现提级管辖的预期。原因是提级审判冲击了既有审判资源的配置和平衡，导致案量分布不均衡，部分基层人民法院无案可审，而中级人民法院、高级人民法院疲于应付。

　　异地管辖

　　异地管辖，也称异地交叉管辖，旨在通过分离审理法院与被告政府的地域联系，实现行政审判的独立和公正。它始于2002年7月浙江省台州市中级人民法院的地方尝试：台州市中级人民法院在行政诉讼立案之后，交由异地法院进行审判；此后为最高人民法院采纳，并在全国范围内推行。2008年1月14日，最高人民法院发布《关于行政案件管辖若干问题的规定》规定，“基层人民法院不宜行使管辖权的案件”“受诉基层人民法院在7日内未立案也未作出裁定，当事人向中级人民法院提起诉讼的案件”“基层人民法院认为需要的案件”和“中级人民法院认为需要的案件”，中级人民法院可以决定自己审理，或者指定本辖区其他基层人民法院审理。异地管辖在一定程度上减轻了基层人民法院法官的外部压力，提高行政审判的公信力，但是并不能彻底排除行政干扰和地方干扰。由于地缘关系和科层体制的影响，异地行政机关和上级行政机关仍有能力干预行政诉讼的审理。此外，异地管辖通过指定管辖的方式对原有管辖制度进行变通使用，属于管辖制度的例外情形，不宜常态化。